个人在两家单位工作时的个税缴纳问题，可依据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的相关规定来明确。《中华人民共和国个人所得税法》第九条明确：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”因此，若个人在两家单位工作，这两家单位作为支付所得的主体，均需履行代扣代缴个税的义务。同时，《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十八条规定：“居民个人取得工资、薪金所得时，可以向扣缴义务人提供专项附加扣除有关信息，由扣缴义务人扣缴税款时减除专项附加扣除。纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。”这意味着，若个人从两家单位均取得工资薪金所得，其专项附加扣除不可重复减除。综上，个人在两家单位工作，个税由两家单位分别代扣代缴，且同一专项附加扣除项目仅能在一处减除，年终需由个人进行汇算清缴。
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“个人在两家单位工作个税怎么交”这一问题，在某些特殊或例外情况下，处理方式会有所差异，下面为你详细说明。
1、其中一处收入为劳务报酬所得。若个人在两家单位工作，一家支付工资薪金所得，另一家支付劳务报酬所得，其个税处理与两处均为工资薪金所得不同。工资薪金所得由支付单位按月预扣预缴，劳务报酬所得则由支付单位按次或按月预扣预缴，且两者的减除费用和预扣率存在差异。年终汇算清缴时，需将工资薪金所得与劳务报酬所得合并计入综合所得计算纳税。由于收入性质不同，预扣预缴和汇算清缴的计算方式均有差异，因此需要更仔细地进行区分和核算。
2、全年综合所得收入不超过12万元或补税金额不超过400元。根据相关规定，居民个人在一个纳税年度内取得综合所得，若年度综合所得收入不超过12万元且需汇算清缴补税，或补税金额不超过400元，可免于办理个人所得税综合所得汇算清缴。所以，若个人在两家单位工作的全年综合所得收入不超过12万元，或汇算清缴后补税金额不超过400元，则无需办理汇算清缴，这直接简化了相关手续，影响个税处理流程。
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“个人在两家单位工作个税怎么交”，若处理不当，可能存在法律风险，以下为你举例说明。
1、未办理汇算清缴导致补税及滞纳金风险。例如，某人在两家单位工作，每月从A单位取得工资8000元，从B单位取得工资7000元，两家单位均分别减除基本减除费用5000元后为其预扣预缴个税。全年基本减除费用多扣除了5000×12=60000元，导致预缴税款少于实际应纳税额。若该人在年终未办理汇算清缴，税务机关发现后，会要求其补缴税款，并从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
2、提供虚假信息导致的处罚风险。比如，为多扣除专项附加扣除，向其中一家单位提供虚假的子女教育支出证明，虚报扣除金额。税务机关核查时发现此情况，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条规定，纳税人若存在伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或在帐簿上多列支出、不列或少列收入，或经通知申报而拒不申报、进行虚假纳税申报等行为，导致不缴或少缴应纳税款的，即构成偷税。对此，税务机关将追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款；若构成犯罪，将依法追究刑事责任。
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关于“个人在两家单位工作个税怎么交”，最直接的答案是：需由两家单位分别代扣代缴，年终自行办理汇算清缴并合并计算。
若两家单位支付的均为工资薪金所得：两家单位会分别按月预扣预缴个税，各自以每月收入额减除费用五千元、专项扣除、专项附加扣除及其他依法确定的扣除后的余额为应纳税所得额，适用个人所得税预扣率表一计算预扣税款。
若其中一家单位支付的是劳务报酬所得：支付劳务报酬的单位会按次或按月预扣预缴个税，以收入减除费用后的余额为收入额（每次收入不超过四千元的，减除费用按八百元计算；每次收入四千元以上的，减除费用按收入的百分之二十计算），再适用个人所得税预扣率表二计算预扣税款，另一家支付工资薪金的单位仍按月预扣预缴工资薪金所得个税。

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