违反公司规章制度被辞退，公司通常不得随意扣工资。具体情况如下：1.若公司规章制度未明确规定违规扣工资，或未通过民主程序制定并公示，扣工资行为无合法依据，员工有权要求足额支付。2.员工违规造成公司经济损失的，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，按约定从工资中扣除赔偿，每月扣除部分不超当月工资20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准。3.公司仅因员工违反规章制度辞退，且无经济损失的，扣工资属违法，员工可通过劳动仲裁维权。
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违反公司规章制度被辞退且涉及工资扣除时，需注意以下法律风险：1.违法克扣工资风险：如员工因几次迟到被辞退，公司扣除当月一半工资，但制度未规定此类高额扣除，且无实际损失，此行为违法，员工有权要求返还。2.维权时效风险：劳动争议仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起算。例如2023年1月被辞退扣工资，2024年2月才申请仲裁且无正当理由，可能因超时效无法维权。
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处理违反规章制度被辞退是否扣工资时，特殊情况会影响结果：1.规章制度扣薪条款违法：如规定员工违反考勤一次扣全月工资，因违反《工资支付暂行规定》中“每月扣除不超20%”及“剩余工资不低于最低工资”的强制性规定而无效，公司扣薪不合法，员工可要求依法支付。2.违规与扣薪无直接因果关系：如员工违反卫生规定，公司却扣除绩效工资，且无法证明卫生违规与绩效业绩相关，扣薪无合理依据，员工有权异议并追回。3.损失赔偿协议合法有效：若员工违规致损失，双方自愿签订赔偿协议，约定合理金额及扣薪方式，且不违反法律，公司可按协议扣薪，但仍需遵守比例和下限要求。
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依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，公司可合法辞退严重违规员工，但无权随意扣工资。该法条仅赋予解除劳动关系权，而非扣薪权。根据《劳动法》第五十条，工资应按月足额支付，不得克扣。仅当员工因自身原因造成经济损失时，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，按约定从工资中扣除赔偿，但需遵守扣除比例和最低工资标准。因此，仅因违规辞退而扣工资缺乏直接法律依据，除非存在法定赔偿情形。

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